Орден святителя Иннокентия был учрежден в Русской Церкви (в 1997 г.) в связи с празднованием 200-летия со дня рождения святителя Иннокентия (Вениаминов; 1797 — 1879; память 31 марта/ 13 апреля и 23 сентября/ 6 октября), который занимает особое место в истории русской святости.

23 февраля 1999 года Святейшему патриарху Алексию II исполнилось 70 лет. По решению Священного Синода патриарху был вручен вновь учрежденный орден Святителя Иннокентия, митрополита Московского и Коломенского, 1-й степени за его первосвятительные труды на благо Церкви.

Вместе с орденом Святителя Иннокентия учреждена и медаль, на которой изображен святитель. На оборотной стороне медали — надпись «За миссионерские труды».

Святитель Иннокентий долгое время осуществлял миссионерскую деятельность среди народов и племен Сибири. В последние годы Русская Православная Церковь оказывает особое внимание возрождению православного миссионерства. Именно вниманием к проблемам просветительского служения и объясняется учреждение подобного ордена и медали.