Точные сведения об обстоятельствах и дате основания ордена отсутствуют, а имеющиеся данные весьма противоречивы. По одним данным, орден был основан знатными коимбрскими рыцарями в 1147 г. для тех же целей и получил название Новых рыцарей (Nueva Militia), по другим – в 1148 г. участниками 2-го крестового похода (1147-1149 гг.). Все источники сходятся в одном – орден был создан для защиты недавно отбитого у мавров г.Эворы (Évora). Первоначально орден имел устав св. Бенедикта, но в 1187 г. орден был подчинен кастильскому ордену Калатравы и получил устав цистерцианцев. С этого момента орден стал известен под именем Эворских рыцарей ордена Калатравы. Гроссмейстер ордена Калатравы получил право инспекции португальского ордена и утверждения его магистров.

Эворские рыцари ордена Калатравы также носили характер военно-монашеского ордена, они принимали обеты бедности, целомудрия и послушания и обязаны были сражаться с маврами.

Сведения о дате передачи города Авис в провинции Алентежу ордену также противоречивы. По одним данным, город был дарован ордену королем Афонсо I (1162-1196 гг.) в 1166 г., по другим – лишь в 1211 г. королем Афонсо II город был передан магистру Эворских рыцарей Фернандо Аннешу (D. Fernão Annes), который укрепил его и построил в нем замок и монастырь-конвент. С момента укрепления города эворские братья перенесли в него свою штаб-квартиру, это произошло в 1223-1224 гг. при магистре Фернандо Родригеше Монтейро (Fernão Rodrigues Monteiro). С этого момента орден стал известен как военный орден Ависа. Зеленый крест как эмблема ордена был дарован папой в конце XIV в. по просьбе короля Афонсо IV.

В дате папского утверждения ордена также противоречия – одни источники называют 1192 г. и папу Целестина III, другие – 1204 г. и папу Иннокентия III.

В нескольких папских буллах (Григорий VIII, «Quoties a nobis»,1187 г.; Иннокентий III, 1199, 1201 и 1214 гг.) ссылаются на португальские владения ордена Калатравы, рассматривая орден Эворы как ветвь ордена Калатравы.

Тем не менее, в булле Иннокентия III «Religiosis vitam eligentibus» от 21 мая 1201 г. специально адресованной Magistro et fratribus Elborensis milicie, professis ordinem Calatravae, утверждаются владения ордена в Португалии и братьям Эворы даруются такие же привилегии, свободы и иммунитет, как и ордену Калатравы.

Рыцари ордена Ависа под командованием магистра Мартина Фернандеша (D. Martim Fernandes) проявили чудеса храбрости во время осады и взятия Севильи в 1248 г.

Хотя орден формально зависел от гроссмейстера ордена Калатравы, орден все больше и больше приобретал автономный характер, политически все более завися от королей Португалии. Португальские короли дарили ордену Ависа обширные земли, захваченные у мавров. С завершением Реконкисты в Португалии (ок. 1249 г.) и в условиях перманентной вялотекущей войны Португалии с Кастилией формальная зависимость ордена Ависа от Кастилии стала опасной для португальской короны.

В 1383 г. после смерти короля Фернандо португальская корона должна была перейти к Беатрис, жене кастильского короля Хуана I. Однако португальцы воспротивились этому и провозгласили королем Жоао I, единокровного брата умершего короля, бывшего в то время 21-м магистром ордена Ависа. 3 октября 1387 г. капитул ордена собрался в замке Ависа, избрал своим магистром Фернандо Родригеша де Сикейру (Fernão Rodrigues de Siqueira) без ведома гроссмейстера ордена Калатравы и обратился к папе с просьбой утвердить это решение. Папа Бонифаций IX утвердил избрание 8 ноября 1389 г.

Когда гроссмейстер ордена Калатравы Гонзало Нуньес де Гусман (Don Gonzalo Núnez de Guzmán) прибыл в Португалию с инспекцией в орден Ависа, король Жоао I приказал магистру ордена де Сикейре принять гроссмейстера Калатравы со всеми подобающими его рангу почестями, но как гостя, а не как старшего прелата или наставника. Это породило долгие споры с королем Кастилии и гроссмейстерством Калатравы, которые прекратились лишь к 1440 г., когда независимость португальских орденов от испанских была признана буллой папы Евгения IV во время правления короля Афонсо V при регенте коимбрском герцоге Педро.

В XV в. орден Ависа вместе с орденом Христа сыграл огромную роль в экспансии Португалии в Африку. Первые завоевания в Африке начались с захвата Сеуты королем Жоао I и осады Танжера в 1437 г.

В 1496 и 1505 гг. рыцари ордена были освобождены от обетов целомудрия и бедности.

После смерти магистра де Сикейры, во время правления короля Дуарте I, магистерство ордена перешло к королевской фамилии, и окончательно это было утверждено папой Юлианом III в 1551 г. Окончательно орден был секуляризован папой Пием VI по просьбе королевы Марии I в 1789 г. В 1894 г. орден был вновь реформирован и стал именоваться Королевским военным орденом св. Бенедикта Ависского. Орден стал иметь три класса – Большого Креста, гранд-офицерский и рыцарский. Магистр ордена стал именоваться Великим командором, и им стал наследный принц Португалии. В 1910 г. Республика отменила ордена, но после 1-й Мировой войны в 1918 г. Военный орден Ависа был возрожден в качестве ордена заслуг, и его магистерство было передано Президенту Республики.