Орден Золотого Руна был основан в 1430 г. бургундским герцогом Филиппом Добрым в честь процветания и благополучия доменов, объединенных под его властью и расположившихся от Фландрии до Швейцарии. Как и в случае датского ордена Слона, неизвестно, почему Филипп выбрал овечье руно в качестве символа ордена. Некоторые указывают на большое богатство, которое ему принесла торговля шерстью во Фландрии, другие – на распространение гуманизма и классической литературы, третьи – на символ Язона для архангела Гидеона. В юности Филипп всегда стремился к продолжению крестовых походов на золотой Восток, так что выбор Язона, путешествующего на восток за Золотым Руном, мог быть символом давних желаний Филиппа.

Сюзеренитет над орденом в отсутствие мужского наследника Бургундского Дома переходил к мужу наследницы герцогства до совершеннолетия ее старшего сына. Поэтому в 1477 г. гроссмейстерство ордена перешло к австрийскому эрцгерцогу (позже – императору) Максимилиану Габсбургу вследствие брака с Марией, дочерью Карла Смелого, последнего герцога Бургундии. После брака Хуаны Безумной, наследницы Кастилии и Арагона, с австрийским эрцгерцогом Филиппом, сыном Максимилиана и Марии, управление орденом перешло в 1516 г. к испанской ветви Габсбургского Дома. После этого количество членов ордена было увеличено на 10 человек для испанских членов, что ясно указывало на долговременные планы Испании по управлению орденом. Первая испанская инвеститура случилась в 1519 г., в год правления Карла. Карл V (I), сын Филиппа, передал гроссмейстерство ордена вместе с троном Испании своему сыну Филиппу II, который в 1521 г. уступил австрийскую часть своему брату Фердинанду I. Этот акт сыграл важную роль позже, когда Австрия и Испания предъявили свои права на орден.

В 1700 г. последний из испанских Габсбургов Карл II объявил своим наследником Филиппа, герцога Анжуйского, внука Людовика XV, ставшего затем Филиппом V (что привело к войне за испанское наследство). Законные суверены ордена, Филипп V и Фердинанд VI, объединили орден Золотого Руна, соединив испанскую ветвь и ветвь герцогства Бургундии, существовавшего только в теории, будучи поглощенным Францией в правление Людовика XI.

Однако, в 1712 г. Австрийский Дом потребовал себе гроссмейстерство ордена вместе с испанской короной, учредил казначейство ордена и объявил суверенитет над орденом. Казначейство было позже перенесено в Вену из Брюгге во времена Французской революции (где и остается по сей день). С 1712 г. существуют два ордена Золотого Руна, возглавляемый австрийским и испанским монархами, оспаривающими законность друг друга.

Вначале признаваемый только Францией, испанский орден стал гражданским королевским орденом в соответствии с указами 1847 и 1851 гг., и вручался даже некатоликам: монархам и лицам королевской крови – России, Великобритании (включая герцога Веллингтона), Германии, Японии, Турции, а также лицам незнатного происхождения, например Президенту Французской Республики. После падения испанской монархии в 1931 г. и до своей смерти Альфонсо XIII (1886-1941) не произвел ни одного награждения. Начиная с 1951 г., его сын, граф Барселонский, глава Королевского Дома Испании, вручил его шести лицам королевской крови. После того, как граф отказался от своих прав, король Хуан Карлос наградил еще несколько испанских граждан и иностранных монархов.