По своим высоким нравственным качествам, по обширной и многосторонней учености, широко известной во всем образованном мире, митрополит Московский и Коломенский Макарий (1816–1882) был выдающимся деятелем Русской Православной церкви. Историк, автор фундаментального 12-томного труда «История русской церкви», он начал свое обучение в Курской духовной семинарии. Здесь он изучал богословские и философские, исторические и физико-математические науки, а также словесность, изучил еврейский, греческий, латинский и французский языки. По окончании семинарии Макарий поступает в Киевскую духовную академию, за время учебы в которой во всем блеске проявились его богатые дарования. Здесь ученое призвание молодого студента получило определенное направление, и Макарий целиком посвятил себя изучению богословия и пастырского проповеднического красноречия. Чтобы всецело посвятить себя наукам, еще во время учебы в академии он изъявил желание постричься в монахи.

Крупный деятель богословия, он всячески содействовал развитию не только этой науки, но и наукам вообще. Еще в бытность свою архиепископом Харьковским, Макарий пожелал все свои деньги, накопленные бережливостью и учеными трудами, хранить в неприкосновенности до тех пор, пока из них не составится значительная сумма. Затем положить эту сумму в банк, чтобы на проценты с нее были учреждены ежегодные премии для поощрения отечественных талантов, посвятивших себя делу науки.

Когда многолетними учеными трудами высокопреосвященный митрополит Макарий составил капитал в 120000 рублей, он в 1867 году обратился к графу Д.А. Толстому (обер-прокурору Святейшего Синода) с просьбой передать эти деньги в Государственное казначейство для учреждения (после смерти) премии его имени, которые вручались бы талантливым исследователям. Причем за достойнейшие сочинения не только по наукам богословским, но и по предметам светским. Сначала, по истечении года, проценты с капитала должны были поступать в распоряжение Святейшего Синода Русской Православной церкви, чтобы премия вручалась за труды духовного содержания. На следующий год средства поступали бы в распоряжение Российской Императорской академии наук — для вручения их за научные сочинения.

Академией наук патриотическое намерение митрополита Макария было встречено с глубокой признательностью, так как занятия наукой в значительной степени всегда нуждаются в поддержке. По соглашению с преподобным митрополитом Макарием Академия наук составила проект основных положений о премиях его имени за труды по светским наукам. Проект этот 8 мая 1867 года был утвержден императором Александром II.

В 1869 году по случаю юбилея Киевской духовной академии высокопреосвященный Макарий пожертвовал в пользу академии 25000 рублей, чтобы ежегодные проценты с этого капитала (1375 рублей) вручались студентам за лучшие сочинения духовного характера. В том же году были учреждены премии по 1000 рублей за лучшие учебные пособия по предметам семинарского и духовного образования, которые присуждались учебным комитетом при Святейшем Синоде. Кроме того, были сделаны еще два пожертвования (по 2000 рублей каждое): одно — в пользу Литовской духовной семинарии для учреждения стипендии «для одного из бедных, но достойнейших воспитанников», другое — в пользу Общества вспомоществования бедным студентам Санкт-Петербургской духовной академии.

После кончины митрополита Макария, когда настало время осуществить его святую волю, основные положения о премиях имени митрополита Макария были еще раз тщательно проработаны и окончательно оформлены правилами, составленными Академией наук и утвержденными министром народного просвещения 14 июня 1883 года. На основании этих правил в одном конкурсе присуждались две полные и три неполные премии: полная премия составляла 1500 рублей, неполная — 1000 рублей.

На конкурс допускались сочинения по всем отраслям наук и знаний, но премий удостаивались только самостоятельные труды, которые могли бы внести в науку новые наблюдения, факты и воззрения и тем самым существенно обогатить ее. Премии (полные и неполные) могли назначаться не только за законченное произведение, но и за один или несколько томов многотомного сочинения, если они составляли цельное исследование. Соискатели могли представить сочинения как печатные, так и рукописные. Но если премия присуждалась сочинению рукописному, она выдавалась автору только после того, как труд его будет опубликован.

Присуждение премий имени митрополита Макария Академией наук происходило по нечетным годам, начиная с 1885. В эти годы день рождения митрополита Макария — 19 сентября — праздновался особенно торжественным собранием, на котором до всеобщего сведения доводились результаты присуждения премий.

На первый конкурс поступило 16 сочинений, которые рассматривала специальная комиссия, назначенная общим собранием Академии наук. Два из них комиссия отклонила, так как они не соответствовали правилам о премиях имени митрополита Макария. Для остальных сочинений были назначены рецензенты — частью из числа академиков, частью из посторонних ученых. Получив отзывы рецензентов, комиссия обсудила достоинства каждого из 13 сочинений <Четырнадцатое было отложено до следующего конкурса.> и решила два из них отметить полными премиями и три — неполными.

Первую полную премию получил А. Петрушевский за свой труд «Генералиссимус князь Суворов». В рецензии отмечалось, что автор поставил своей целью изобразить русского полководца не легендарным богатырем, а живым человеком со всеми его страстями, достоинствами и недостатками. Исследование А. Петрушевского предназначалось для широких кругов образованной публики русского общества, а не только для военных, поэтому автор старался избегать излишней военной терминологии и подробного описания военных баталий.

Вторая полная премия была присуждена В.В. Докучаеву за сочинение «Русский чернозем». Это обширное сочинение стоило автору шести лет усиленной работы и является результатом его многочисленных поездок в главные черноземные районы страны для изучения на месте как типичного чернозема, так и перехода его к другим почвам. Рецензенты отмечали, что труд этот для России имеет большое научное и практическое значение; ни в какой другой стране Европы изучение почвы не обещает столь плодотворных результатов, как в России. Здесь имеются еще огромные пространства девственных земель, и почвы находятся под влиянием самых разнообразных условий климата, растительности, грунта, рельефа местности и т.д.

Неполные премии на первом конкурсе премий имени митрополита Макария получили А.А. Тилло за «Опыт нивелировки Российской Империи» — исследование о точном рельефе поверхности России, С.А. Давыдова за исследование «Русское кружево» и Ф.П. Кеппен за сочинение «Географическое распространение хвойных деревьев в Европейской России и на Кавказе» (с таблицею рисунков и 3 картами).

Последняя премия имени митрополита Макария от имени Российской Императорской академии наук была вручена в 1913 году — перед Первой мировой войной, от имени Святейшего Синода Русской Православной церкви — в 1917 году. После Октябрьской революции на переиздание трудов историка и богослова митрополита Макария советская власть наложила запрет, а Макариевская премия, как и многие другие, прекратила свое существование. Лишь в конце 1995 года, в новых исторических условиях, эта премия была восстановлена.

Учредителями современной премии имени митрополита Макария выступили Московский патриархат, правительство Москвы и Российская академия наук. Итоги первого конкурса на лучшие исторические сочинения подводил Экспертный совет фонда и утвердил Комитет по премиям, который возглавляет Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II, президент Российской академии наук Ю.С. Осипов и мэр Москвы Ю.М. Лужков. На конкурс было представлено 46 сочинений по двум номинациям: по истории Русской церкви — 24 произведения, по истории Москвы — 22. В каждой номинации было выдано 6 премий: первая — 5000 долларов (в рублевом эквиваленте), две вторых — по 2500 долларов и три третьих — по 1000 долларов. Каждый из лауреатов получил также и Почетный диплом.